在星期三晚上计划在开罗机场降落前三十分钟，一艘载有56名乘客和10名机组人员的埃及航空商业班轮在地中海上空的雷达跟踪系统中消失。 据BBC新闻报道，埃及航空公司804航班于当地时间晚上11:09离开巴黎戴高乐机场，并于周四早上3:15抵达埃及首都。 调查人员正在沿着埃及航空公司MS804从巴黎到开罗的路线，寻找有关空中交通管制据报在希腊领空与喷气客机失去联系之前最后时刻发生的事情的线索。
英国广播公司新闻与埃及航空公司官员确认，804航班已达到37, 000英尺的巡航高度，航空官员称之为“正常”航班。 根据该报告，空中交通管制员已经完成了与飞行员几次平安无事的检查，然后在从希腊飞越埃及领空期间失去了与飞机的联系。 据希腊国防部长周四早上在一次电视新闻发布会上发表讲话说，正是在这种平静的沟通之后，埃及航空公司的航班“急剧下降”，然后开始向地中海急剧下降并从雷达跟踪系统中消失。
根据美国有线电视新闻网的报道，希腊和埃及军方之间已经协调了一次大规模的搜救任务，以寻找飞机最后已知下落附近的幸存者和线索。 希腊官员证实，救援队在克里特岛西南部的海域发现了几具浮动物体，官员称这些物体可能是被击落的飞机上的残骸。 到目前为止，还没有找到幸存者。
当调查人员调查这些物体是否可以与失踪的飞机相连时，当局正在争先恐后地将飞机最后时刻之间的点连接起来，以及飞机急剧下降和消失的可能原因。 美国有线电视新闻网报道援引埃及民航部长的话说，飞行失踪的原因“更可能是恐怖主义而不是技术问题”。
由于当局对804航班失踪的可能原因“保持开放态度”，航空和情报官员也正在调查埃及航空公司飞机在过去24小时内绕过蜿蜒路线可能发生的安全漏洞，包括突尼斯和北非厄立特里亚的停靠。
根据美国有线电视新闻网的直播情报，情报官员正在检查飞机过去24小时内的飞行清单，以查看国际恐怖主义观察名单，看看是否有任何乘客或机组人员的名字出现。 情报部门正特别关注戴高乐机场可能存在的安全漏洞，该机场去年约有70名员工因涉嫌恐怖分子连接而被撤销安全许可。 到目前为止，没有任何恐怖组织提出要求对此事故负责。
